سیستم کنترل های داخلی مناسب که توسط هیئت مدیره، مدیران اجرایی و سایر کارکنان سازمان اجرا می شود، همواره در جهت حفاظت از منابع و اموال شرکت در مقابل سوءاستفاده و اتلاف، افزایش توان شرکت در تهیه و نگهداری سوابق و مدارک مناسب حسابداری و پردازش و گزارش اطلاعات مالی مطلوب و همچنین بالا بردن کارایی عملیات شرکت، اثرات سازنده ای دارد.
نامه ی مدیریت ارائه ی گزارش به هیئت مدیره و یا نماینده ی وی است که عموما شامل نقاط ضعف کنترل های داخلی و سیستم های حسابداری است، لیکن در مواردی تحریف و عدم رعایت قوانین و مقررات مربوط که الزام به درج در گزارش حسابرسی نیست را نیز شامل می شود. حسابرس مستقل هر گونه اثر موارد یادشده را بر صورت های مالی برای درج در گزارش حسابرسی و یا نامه ی مدیریت ارزیابی می کند.
بر اساس استاندارد حسابرسی شماره ی 1007 (( ملاحظات خاص در به کارگیری استانداردهای حسابرسی ارتباطات با مدیریت)) ارائه ی گزارش درباره ی سیستم کنترل داخلی یا هر مطلب دیگری به مدیریت، ضرورت ارزیابی هر گونه اثر آن را بر صورت های مالی یا حسابرسی نفی نمی کند و جایگزین مناسبی برای تاکید بر یک مطلب خاص یا درج بند شرط در گزارش حسابرسی محسوب نمی شود.
اهداف کنترل های داخلی عبارت است از کسب اطمینان معقول از:
الف) اثربخشی و کارایی عملیات
ب) قابلیت اتکای گزارشگری مالی
ج) رعایت قوانین و مقررات مربوط